Shinto har vuxit fram ur folkreligionen. Det viktigaste budet i shinto är det om yttre och inre renhet. Shinto var nationalreligion 1868-1945 och gynnades då av myndigheterna. Numera är staten och shinto åtskilda.

Konfucianismen kom till Japan kring år 500 och förde med sig etik och en känsla för plikt och disciplin. Buddhismen sägs ha införts av prins Syôtoku-taisi (574-622). Den gamla buddhismen var esoterisk och intellektuell. Tendai- och singonskolorna var de mest betydelsefulla. Från 1200-talet dominerade de folkliga skolorna, "trosbuddhismen", med Amidaskolorna (Zyôdo och Zyôdo-sinsyû) och Nitirenskolan, vilka krävde tro, däremot inte många års klosterliv. Under zenbuddhismen betonades munklivet åter. Shinto och buddhism har vuxit samman i en religiös symbios. En särskild form av samexistens är ryôbu sintô (sv. 'två-aspekt shinto') som betraktar de shintoistiska gudarna som manifestationer av buddhor eller boddhisattvor.

Kristendomen kom till Japan på 1500-talet. Hundratusentals japaner blev omvända, men kristendomen förbjöds 1635 efter svåra förföljelser. Den levde vidare i hemlighet och är sedan 1869 åter tillåten.

Förfäderskult är vanlig inom alla religioner. I hemmen finns förfädersaltare för enkla kulthandlingar.

I områden som genomgår stora ekonomiska och sociala förändringar, brukar också den religiösa tron förändras. Japan har sedan 1800-talet genomgått en snabb övergång från ett feodalt till ett industriellt samhälle, och från isolering och traditionalism till allt tätare kontakter med omvärlden. En hel rad nya religioner har under denna förändringsperiod uppstått i landet; efter andra världskriget har detta skett i en allt snabbare takt. 1999 fanns 411 registrerade religioner eller religiösa organisationer i Japan.

Termen 'ny religion' (sinkô-syûkyô eller sin-syûkyô) kom i bruk efter andra världskriget, då också forskningen om de nya religionerna kom igång. Den har framför allt kretsat kring de olika rörelsernas ledare och historia. Framför allt har den utförts av japaner och publicerats på japanska. Vilka religioner skall då räknas som nya? En möjlighet är att dra en gräns i tiden. Om man väljer denna möjlighet finns fyra förslag om var en sådan skall dras: början av 1800-talet då rörelser med bergskult som Huzi-kô uppstod; perioden kring Meizi-restaurationen 1868 då de inflytelserika rörelserna Kurozumi-kyô, Konko-kyô och Tenri-kyô kom till, årtiondena kring år 1900 då reaktionen mot industrialismen och kapitalismen gav upphov till rörelser som Ômoto och Reiyûkai och tiden efter andra världskriget då ett stort antal rörelser tillkommit till följd av statens sekularisering och religionsfriheten. En klassificeringsmodell som blivit allt vanligare under 1990-talet är att skilja 'nya religioner' (sinkô-syûkyô eller sin-syûkyô), vilket syftar på de ovan nämnda grupperna (2) och (3), från 'nya nya religioner' (sin-sin-syûkyô), alltså den ovan nämnda gruppen (4). I gruppen 'Nya nya religioner' återfinns rörelser som Mahikari, Sinnyoen och Agonsyû, som ökat starkt under 1970- och 1980-talen.[1] Ibland räknas 'nya nya religioner' (4) in bland de 'nya' religionerna, så att 'nya religioner' kommer att omfatta grupperna (2), (3) och (4), och 'nya nya religioner' blir en undergrupp (4). 'Nya nya religioner' har stora likheter med 'new age'.

En annan nödvändig avgränsning är att de rörelser som både har eget namn och en framträdande ledare räknas som nya religioner. Det är svårt att klart och tydligt avgränsa dessa från små grupper som leds av en ogamiya (sv. 'schaman'), s.k. folkreligioner. I sådana små rörelser har dock anhängarna ofta rollen av kunder till en schaman som är ledare. Det är också möjligt att avgränsa nya religioner från folkreligioner just vid frågan om de infört något "nytt".

Däremot brukar man inte ta hänsyn till om en ny religion presenterar sig som en sådan eller inte. Tenri-kyô gör till exempel anspråk på att vara en helt fristående religion, under det att Sôka-gakkai presenterar sig som "a lay Buddhist association that embraces the philosophy and teachings of Nichiren, a 13th-century Japanese Buddhist sage and scholar". Trots detta brukar Sôka-gakkai räknas som en av de nya religionerna, eftersom den har många drag gemensamma med dessa. Man måste dock vara medveten om att en ny religiös rörelse kan förändra sin syn på sig själv. Fram till 1947 ville inte myndigheterna registrera fler shintosekter förutom tretton äldre sekter. Ômoto ville inte heller beskriva sig som en "shintosekt" eftersom man menade att man stod för den riktiga versionen av shinto. Numera räknas Ômoto in i gruppen "gamla shintosekter", alltså sådana som uppstått före andra världskriget.

Även om man väljer en vid definition av nya och nya nya religioner i Japan, och räknar in såväl sådana rörelser som menar sig vara fristående religioner och sådana rörelser som menar sig vara rörelser inom äldre religioner, eller den sanna versionen av en sådan, finner man att ett stort antal drag är gemensamma för de nya och nya nya religionerna i Japan:
De nya religionerna är vanligtvis synkretistiska, vilket innebär att de är uppbyggda på en blandning av element från olika religioner som shinto, buddhism, konfucianism och kristendom samt västerländska ideologier som t.ex. kommunism, vilka har utvecklats under trycket från de stora omställningar och den fattigdom som rådde när befolkningen fick ställa om sina liv från ett feodalt samhälle på landet med jordbruk som huvudnäring, till ett liv i städerna, där industrierna dominerade. Många av de nya religionerna gör anspråk på att förnya de gamla religionerna, som har avfallit från sitt ursprung, eftersom de menar att de gamla religionerna inte förstått den lära de förkunnar. I så gott som alla nya religioner har en karismatisk grundare - ofta en kvinna - en mycket stark roll. Han eller hon kallas "levande Buddha", "levande Gud", "kami" eller något annat som syftar på att personen har haft en särskild ställning, och en mycket nära kontakt med guden eller gudarna. Ledaren har ofta blivit kallad på ett sätt som har många drag gemensamma med schamanism. Lydnaden för ledaren är mycket stor. I många religioner har även ledarens släktingar ledande roller. I vissa fall kan religionen närmast få rollen av ett familjeföretag.
De nya religionerna är vanligtvis optimistiska och ägnar stort intresse för livet på jorden. Detta sker i stark kontrast till de riktningar inom buddhismen som förespråkar likgiltighet inför världen. I de nya religionerna spelar hälsa, långt liv, lycka och välgång en viktig roll. Man praktiserar olika riter för helande och gör anspråk på att underverk inträffar. Man menar att anhängarna redan i tillvaron här på jorden kommer att få fördelar av att tillhöra rörelsen. Pacifism och miljövård har fått en allt starkare ställning i de nya religionerna.
De nya religionerna försöker att integrera shintos polyteistiska och animistiska gudomar med monoteismen, eventuellt under påverkan från kristendom.
De nya religionerna har en klar eskatologi. En förändring i världen är nära förestående.
De nya religionerna har en enkel kult. Enkla böner, ord eller ceremonier frigör människans inre krafter.
De nya religionerna erbjuder medlemmarna en nära gemenskap.
De nya religionerna har ett klart geografiskt centrum, som i vissa fall har en eskatologisk betydelse. I många fall präglas detta av en modern arkitektur. I många fall menar man att Japan har en särskild betydelse i den eskatologiska utvecklingen.
De nya religionerna lånar idéer från helt olika källor - vid sidan om religioner - från vetenskap och politik.
De nya religionerna erbjuder japanerna en nära gemenskap i en tid där de snabba förändringarna har fått många att känna sig rotlösa. De behöver inte vara "kompletta" religioner, eftersom de inte alltid bryter gamla religiösa mönster, som att t.ex. buddhistpräster utför begravnings- och minnesritualen. De nya religionerna kräver inte alltid fullständig uppmärksamhet från sina utövare, och de möter inte nödvändigtvis en människas alla behov.
De nya religionerna arbetar aktivt med att värva nya medlemmar. Man gör medvetet bruk av massmedia för detta mål.
Det råder ingen tvekan om att Ômoto skall räknas in bland de nya religionerna och att den har många drag gemensamma med andra nya religioner i Japan, om än betoningen på dessa drag har varierat under olika tider. Detta gäller kanske främst frågan om hur aktivt Ômoto värvar nya medlemmar. Ômotos iver att värva nya medlemmar var betydligt starkare före andra världskriget än efter detta. En intressant iakttagelse är att Ômoto i större utsträckning än de andra nya religionerna har gett upphov till dotterreligioner. Vissa forskare räknar till och med med en "Ômoto-grupp" bland de nya religionerna. Ett exempel är Erik Haahr, som gör en indelning av de ovan nämnda grupperna (2), (3) och (4), grundad på såväl tillkomstår och religiös bakgrund och delar in de nya religionerna i fyra grupper:
De gamle med bl.a. Tenri-kyô och Konkô-kyô;
Nitiren-gruppen med bl.a. Sôka-gakkai;
Ômoto-gruppen med bl.a. Ômoto, Seityô-no-ie och Sekai-kyûsei-kyô;
De Mindre med bl.a. Ittô-en.

En förklaring till varför just Ômoto gett upphov till en hel grupp nya religioner är att Ômoto i samband med de två Ômoto-målen 1921 och 1935 blev så hårt kritiserat i massmedia att många valde att lämna rörelsen, men ändå tog med sig en del av den lära de tagit del av under sin tid i Ômoto. En annan orsak kan vara att Ômoto alltid har betonat mänsklighetens frälsning framför individens frälsning. Detta har tydligen inte lett till att människor velat engagera sig inom Ômoto på längre sikt, utan i stället valt rörelser som tydligare betonat individens frälsning. Exempel på utbrytningar är:
Tenko-kyô, grundat av TOMOKIYO Tenko för ockult meditation;
Seityô-no-ie, grundat av TANIGUTI Masaharu, som tidigare arbetade som redaktör för Ômotos skrifter; Seityô-no-ie gör, liksom Ômoto, gjorde flitigt bruk av det skrivna ordet;
Sekai-kyûsei-kyô (Mesia-kyô), grundat av OKADA Mokiti; Mesia-kyô lär ut tron på Avalokiteshvara och helande genom handpåläggning;
Ananai-kyô, grundat av NAKANO Yonosuke; Ananai-kyô lär ut ockult meditation och idén om ananai (perfektionism) som hämtats från Ômoto;
Sinsei Ryûzinkai, grundat av YANO Yûtarô, där DEGUTI Naos dotter HUKUSIMA Hisako blev medlem, sedan hon råkat i konflikt med Onisaburô.